Nos programas de pós-graduação já recomendados pela CAPES em diferentes fases de consolidação, cabe à PROPPI a função de co-gestora, mediando suas demandas junto às agências de fomento e à administração central da UFOP. A pró-reitoria supervisiona e continuamente avalia os programas existentes, implementa políticas próprias de bolsas e gere as das demais agências, bem como é a gestora dos recursos da verba PROAP-CAPES. Nos últimos 7 anos, a qualidade dos cursos recomendados pela Capes na UFOP tem mantido uma tendência de crescimento, conforme ilustra a figura abaixo. Esta nota, que pode variar entre 3 e 7, tem se mantido estável nos últimos anos em cerca de 3,8.